Il mio consiglio quindi è di creare un backup, separato da quello del sistema operativo e dei documenti importanti, che comprenda il salvataggio delle impostazioni e configurazioni, opzioni e preferenze di alcuni programmi.

Per questo fine, si può usare un qualsiasi strumento o software di backup, l'importante è sapere dove sono queste impostazioni personalizzate da salvare che possono essere in file di sistema o in chiavi di registro.
Anche da Windows si può fare il salvataggio delle impostazioni personali dei programmi per il trasferimento in un altro computer.

Il programma che ho scelto però è un altro e si chiama GFI Backup, uno dei migliori programmi gratis per fare i backup automatici su Windows, e facile da usare.  Con GFI Backup, una volta installato, si deve creare un nuovo lavoro di backup tramite la procedura guidata, poi, quando si deve scegliere quali cartelle comprendere, si devono scegliere i percorsi esatti dove sono salvate le configurazioni e le impostazioni dei vari programmi.

Alcuni di questi percorsi delle cartelle elencate di seguito sono in cartelle nascoste.
Per renderle visibili bisogna andare su Start > Risorse del Computer, scegliere Strumenti > Opzioni cartella (Su XP) o Organizza > Opzioni cartella e ricerca (Su Vista/ Win7) e passare alla scheda Visualizza; mettere il flag alla voce "Mostra file e cartelle nascoste".

Tra i programmi che possono richiedere un backup separato ci sono:

1) I client e-mail, gli account di posta e i messaggi inviati o ricevuti.
Per Outlook Express, Windows Mail, Mozilla Thunderbird e Microsoft Outlook, con GFI Backup basta premere il pulsante Email nella schermata dove si selezionano i componenti.

2) I browser web con tutti i preferiti e le impostazioni di navigazioni.
Il backup di Internet Explorer si può abilitare premendo il pulsante Impostazioni utente (User Settings) nella scheda dove si selezionano i programmi (Source)
Per il backup di Firefox (ed anche di Thunderbird) si può usare con GFI Backup ma sarebbe meglio usare un tool di Mozilla chiamato MozBackup
Il backup di Google Chrome si può fare online, senza GFI Backup, con un account Google e le impostazioni di sincronizzazione di Chrome stesso che salvano segnalibri, temi, preferenze, estensioni e auto completamento dei moduli e delle password.
Per Opera si può invece usare GFI Backup dal pulsante delle Impostazioni utente.
Ricordo infine che il backup di tutti i browser e di tutte le impostazioni si può fare separatamente con FavBackup.

Per il backup di Windows Media Player e di Skype si può usare la procedura guidata di GFI Backup ma per tanti altri programmi non c'è un percorso predefinito e bisogna lavorare manualmente.
Ad esempio, vediamo qui come salvare le impostazioni personalizzate per programmi come:

Office 2003, il backup si può fare rapidamente da Windows, andando su Start > Programmi > Microsoft Office > Strumenti di Office > Salvataggio guidato impostazioni personali Office.

Office 2007 e 2010 non hanno questa possibilità e bisogna seguire un diverso percorso.
Premere il tasto Win+R, digitare %appdata% e premere Invio, quindi aprire la cartella Microsoft ed eseguire il backup delle seguenti sotto-cartelle: Office, Proof, Modelli e UProof.
Se si avessero plug-in installati per le varie applicazioni Office, eseguire il backup anche delle cartelle Word, Excel e gli altri.
Non è finita qui, si deve fare anche il backup della seguente chiave di registro: HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Office.

Per il backup di OpenOffice si può aprire OpenOffice, andare su Strumenti > Opzioni > Percorsi per vedere in quale cartella sono i vari modelli, le impostazioni e quant'altro.
Tipicamente sono dentro la cartella OpenOffice\3 che si trova in Windows 7, in AppData\Roaming mentre in XP, Application Data.

Per il backup di programmi come Picasa, bisogna salvare le cartelle Picasa2 e Picasa2Albums - che sono memorizzati all'interno di C:\Users\utente\AppData\Local\Google (o C:\Documents and Settings\utente\impostazioni locali\Dati applicazioni\Google in XP).
Altre preferenze si possono trovare all'interno della seguente chiave di registro: HKEY_CURRENT_USER\Software\Google\Picasa.

Per il backup di Windows Live Photo Gallery si deve andare in C:\Users\ \AppData\Local\Microsoft\Windows Live Photo Gallery (C:\Documents and Settings\ \Impostazioni locali\Dati applicazioni in XP) per il vostro processo di backup. È inoltre consigliabile eseguire il backup della chiave HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows Live\Foto Gallery.
Considerare che non si farà il backup delle foto ma solo delle impostazioni.

Il backup di programmi Adobe come Photoshop Premiere o Acrobat Writer si trova in %APPDATA%\Adobe oppure, in XP, C:\Program Files\Adobe.
La chiave di registro è invece HKEY_CURRENT_USER\Software\Adobe.

Nell'articolo su come spostare e creare un backup della liberia di ITunes c'è la guida per salvare le impostazioni del programma Apple di gestione musica e iPod.

Per tutti gli altri programmi, le cartelle dove sono salvate le configurazioni sono:
La %AppData% ossia la C:\Users\ \AppData\Roaming su Windows 7 e C:\Documents and Settings\ \Dati applicazioni su Windows XP
La %LocalAppData% è invece C:\Users\ \AppData\Local in Win7 e C:\Documents and Settings\ \Impostazioni locali\Dati applicazioni in XP.
La C:\ProgramData di Win7 e la C:\Program Files di XP.
Altre impostazioni possono essere trovate all'interno del Registro di sistema e la maggior parte sono in HKEY_CURRENT_USER\Software e in HKEY_LOCAL_MACHINE\Software.
SWe avete problemi con qualche programma, lasciate un commento e vediamo dove si trovano le impostazioni personalizzate.

Ovviamente tutto questo è necessario soltanto se si desidera fare un salvataggio specifico per alcuni programmi, senza dover fare un backup generale disponibile con il trasferimento dati di Windows.